V roce 1864 založil evangelický farář Václav Šubert v Krabčicích pod Řípem „opatrovnu“ pro děti místních sedláků. Jedná se o první diakonický projekt na našem území. V Krabčicích dodnes Diakonie provozuje domov odpočinku ve stáří. V roce 1903 vznikla „Česká Diakonie, spolek evanjelický pro ošetřování nemocných a chudých“. Sestry diakonky pracovaly v různých zdravotnických zařízeních či docházelo ošetřovat nemocné do rodin. V roce 1959 zakázal činnost Diakonie komunistický stát. Péče o potřebné se však neformálně udržuje v jednotlivých sborech evangelických církví.

Českobratrská církev evangelická obnovuje Diakonii 1. června 1989 a postupně rozvíjí celou paletu sociálních služeb (služby krizové pomoci, stacionáře pro děti s mentálním postižením, domácí péči o seniory a zdravotně postižené). Služby Diakonie se po roce 2000 rozšířily o služby sociální prevence, jako jsou nízkoprahové kluby určené dětem a mládeži, občanské poradny nebo azylové domy. V roce 2003 přibyly do rodiny Diakonie také služby hospice.

Důležitý byl také vznik speciálních škol. Dnes provozuje Diakonie speciální školy určené dětem s mentálním a kombinovaným postižením na 19 místech republiky a se svými více než 700 žáky je jedničkou v oblasti speciálního školství. V roce 2011 vzniklo Středisko humanitární a rozvojové spolupráce, které pomáhá při humanitárních katastrofách u nás i ve světě. Důraz Diakonie klade i na vzdělávání, proto založila Diakonickou akademii, která připravuje kurzy celoživotního vzdělávání zaměřené na práci v sociálních službách.

V posledních letech Diakonie rozvíjí sociální podnikání a vytváří chráněná pracovní místa pro lidi s postižením. A stále roste. Každoročně pomáháme více než 25 tisícům lidí.